Das IDM wurde 1953 als "Forschungsinstitut für Fragen des Donauraumes" gegründet. Es war über Jahre die einzige wissenschaftliche Einrichtung in Österreich, die sich selektiv der Donauraumforschung widmete.

1993 hat das Forschungsinstitut – nunmehr Institut für den Donauraum und Mitteleuropa (IDM) – unter seinem Vorsitzenden Univ. Prof. Dr. Norbert Leser und dessen Nachfolger (seit 1995) Vizekanzler a.D. Dr. Erhard Busek (CV) neue Arbeitsimpulse erhalten und seine Tätigkeit auf ganz Mittel- und Südosteuropa ausgedehnt.

Das IDM ist heute ein außeruniversitäres Forschungsinstitut auf Vereinsbasis - getragen von Einzel- und Firmenmitgliedern - mit Sitz in Wien.

Es wird aus Mitteln des Bundeskanzleramts, der österreichischen Bundesministerien für Wissenschaft und Forschung, für Unterricht, Kunst und Kultur, für europäische und internationale Angelegenheiten, für Wirtschaft und Arbeit sowie seitens einzelner Bundesländer, Städte, der Wirtschaftskammer Österreich, der Industriellenvereinigung, der Oesterreichischen Nationalbank und privater Förderer unterstützt.

Seit dem 1. April 2011 besteht eine Vereinbarung über die Etablierung des Projekts „Institut für den Donauraum und Mitteleuropa an der Universität für Bodenkultur Wien“ mit dem Ziel der Entwicklung und Durchführung gemeinsamer Aktivitäten zur Umsetzung der Donauraumstrategie der Europäischen Kommission. Das Projekt ist vorerst auf fünf Jahre geplant.