Der Anton Gindely-Preis für Kultur und Geschichte Mittel,- Ost- und Südosteuropas wird seit 1997 vom Institut für den Donauraum und Mitteleuropa zur Auszeichnung von Wissenschafterinnen und Wissenschaftern vergeben, die in ihrem Werk einen besonderen Beitrag zur grenzüberschreitenden kulturellen und historischen Verständigung in der sprachlichen, nationalen und konfessionellen Vielfalt des Raumes und damit zum Verständnis der Wurzeln des „neuen Europa“ geleistet haben. Er schließt an den Anton Gindely-Preis für Geschichte der Donaumonarchie (1979-1991) und an den Anton Gindely-Staatspreis für Geschichte der Donaumonarchie und Mitteleuropas (1992-1996) an.