Der Anton Gindely-Preis für Kultur und Geschichte Mittel,- Ost- und Südosteuropas wurde seit 1997 vom Institut für den Donauraum und Mitteleuropa zur Auszeichnung von Wissenschafterinnen und Wissenschaftern vergeben, die in ihrem Werk einen besonderen Beitrag zur grenzüberschreitenden kulturellen und historischen Verständigung in der sprachlichen, nationalen und konfessionellen Vielfalt des Raumes und damit zum Verständnis der Wurzeln des „neuen Europa“ geleistet haben. Er schließt an den Anton Gindely-Preis für Geschichte der Donaumonarchie (1979-1991) und an den Anton Gindely-Staatspreis für Geschichte der Donaumonarchie und Mitteleuropas (1992-1996) an. Der Preis ist nach dem Historiker Anton Gindely (1829-1892) benannt, Sohn eines deutsch-ungarischen Vaters und einer tschechischen Mutter, ab 1867 Ordinarius der Karls-Universität Prag, Mitglied der Akademie der Wissenschaften in Wien, Geschichtslehrer des Kronprinzen Rudolf. Wegen seiner übernationalen, versöhnlichen Haltung wurde Gindely Opfer von Angriffen aus entgegengesetzten nationalchauvinistischen Lagern.
Der Gindely-Preis wurde bis 2010 vom Bundesministerium für Wissenschaft und Forschung getragen und war mit € 7.200 dotiert.
Den Vorsitz der Jury führte Univ. Prof. Dr. Ernst Bruckmüller von der Universität Wien.
Anton Gindely-Preis für Publikationen zu Kultur, Geschichte und Integration in Mittel-, Ost- und Südosteuropa
1998 Univ.-Prof. Dr. Dr. h.c. mult. Gerald Stourzh (Wien)
1999 Em. Univ.-Prof. Dr. Peter Sugar
2000 Em. Prof. Dr. Alice Teichova (Prag)
2001 Em. Univ.-Prof. Dr. Emil Niederhauser (Budapest)
2002 Em. Univ.-Prof. Dr. Józef Buszko (Krakau)
2003 Hauptpreis: Projekt „Central European Cooperative Oncology Group (CECOG)“ unter der Leitung von Univ.-Prof. Dr. Christoph Zielinski (Klinik für Innere Medizin, Wien);
Nebenpreise: 1. „Post-Netzwerk der mittel- und osteuropäischen Pastoraltheologinnen und Pastoraltheologen“ (Projektleitung: Univ. Prof. DDr. Paul M. Zulehner, Institut für Pastoraltheologie der Universität Wien) sowie 2. „Die Anwendung von Europarecht in Österreich und Bulgarien, Polen, Rumänien, der Slowakei, Slowenien, der Tschechischen Republik und Ungarn“ (Dr. Bedanna Bapuly, Forschungsstelle für institutionellen Wandel und europäische Integration der Österreichische Akademie der Wissenschaften) 2004: Hauptpreis: Donaurektorenkonferenz;
Nebenpreise: 1. „Households, Work and Flexibility” (Prof. Claire Wallace, IHS Wien), 2. „Soziale Strukturen in Böhmen, 16. bis 19. Jahrhundert“ (A.o. Prof. Markus Cerman, Univ. Wien) 2005: Dr. Tamara Griesser-Pecar (slowenische Historikerin)
2006: Univ.-Prof. Dr. Jiří Malíř (tschechischer Historiker, Masaryk-Universität Brno)
2007: PhDr. Jiří Kořalka, DrSc. (tschechischer Historiker)
2008: Univ.-Prof. Dr. Peter Vodopivec (Institut für Neuere Geschichte, Ljubljana; Universität Ljubljana)
2009: Univ.-Prof. Dr. Tomislav Raukar (Zagreb, Kroatische Akademie der Wissenschaften)
2010: Univ.-Prof. Dr. Yaroslav Hrytsak (Lemberg/L´viv)
2012: Prof. Rita Tolomeo (Rom)
Anton Gindely-Staatspreis für Geschichte der Donaumonarchie und Mitteleuropas
1992 Robert Wistrich (Jerusalem)
1993 Stanislaw Grodziski (Warschau)
1994 István Diószegi (Budapest)
1995 Jan Havránek (Prag)
1996/97 Dusan Kovac (Bratislava)
Anton Gindely-Preis für Geschichte der Donaumonarchie
1979 Richard Georg Plaschka, Horst Haselsteiner und Arnold Suppan (Wien)
1980 Ludwig Gogolák (Wien) und Sergij Vilfan (Laibach)
1981 Monika Glettler (München)
1982 Moritz Csáky (Wien) und Helmut Slapnicka (Linz)
1983 Emil Brix und Joanna Radzyner (Wien)
1984 Ferdinand Hauptmann (Graz)
1985 Horst Haselsteiner (Wien) und Eva Somogyi (Budapest)
1986 Robert J.W. Evans (Oxford) und Péter Hanák (Budapest)
1987 Josef Polisenský (Prag)
1988 Mirjana Gross (Zagreb)
1989 Friedrich Gottas (Salzburg)
1990 Otto Urban (Prag)
1991 Vasili Melik (Ljubljana)